Rodák z Humenného strávil většinu své kariéry na Slovensku, kde si připsal několik mistrovských titulů i národních pohárů v dresu Interu Bratislava nebo Petržalky. Po tříletém angažmá v rumunském klubu FC Politehnica Timișoara se v létě 2011 upsal Viktorii, kde se stal nedílnou součástí úspěšné plzeňské dynastie. Hned ve své první sezóně na západě Čech zažil úspěšnou cestu Ligou mistrů stejně jako o rok později v Evropské lize. Během svého angažmá v Plzni stihl získat jeden český superpohár a v roce 2013 triumfoval v české nejvyšší soutěži.
V dubnu 2014 jeho kariéru zastavilo nejdříve zranění kolene a následně se u slovenského stopera bohužel prokázala vážná nemoc – amyotrofická laterální skleróza (ALS). Marián Čišovský s ní statečně bojoval několik let a po celou dobu byl po boku svého klubu motivací pro všechny pacienty s touto nevyléčitelnou chorobou.
Tragická zpráva o úmrtí teprve 40letého Čišovského zasáhla všechny hráče, činovníky a fanoušky českého fotbalu napříč všemi kluby.
Mariáne, budeme si Tě pamatovat navždy!